Рабочим органом Комитета КСОЗ Кыргызской Республики является Секретариат Комитета КСОЗ, который отвечает за логистику и административную поддержку работы Комитета КСОЗ и его секторов, подсекторов и технических рабочих групп, ведение документации Комитета КСОЗ, сбор и распространение информации, связанной с деятельностью Глобального Фонда, Комитета КСОЗ и его секторов, Основных получателей и со-получателей, а также других заинтересованных сторон, вовлеченных в ответ страны на эпидемии ВИЧ\СПИДа, туберкулеза и малярии.